具体问题：对整个时间线有些疑惑，在留资格申请是需要学校接收证明，但出愿时间和入学时间间隔也就三到四个月，更不用说还有笔试面试之类的，而在留资格又需要三个月时间审核，这样的话岂不是无论如何都来不及了？还是说只要有教授的内诺就可以申请了呢？
先解答疑问：仅有教授内诺不能申请在留资格。需要等学校下发最终结果后，由学校统一办理。
日本的博士项目是以研究科为单位进行招生的。学校/研究科以及申请项目（英语授课VS日语授课）不同，它的出愿时间，考试时间，一年举办几次招生募集以及入学时间也不同。因而在留资格的申请时间以及是否来得及入学也随之发生变化，需要具体问题具体分析。
主要有以下几种情况：
情况1：入学时间为4月。可能会在入学前一年度的夏季举办一次招生募集。合格后，前一年度的9月份左右就可以开始办理在留资格，这样时间完全充裕，不用担心。
例如德岛大学医学研究科博士，前一年度的8月分公布结果，4月份入学，完全来得及。
情况2：入学时间为9/10月，博士考试结果在9月中才公布。等合格后再办理在留资格是完全来不及入学的。这个需要自己做好晚入学的心理准备，调整好心态。这种情况一般事务是清楚的，自己需要另外与教授汇报说明一下情况，获得教授理解后（教授都会理解），赴日前先上网课，等在留签证一下来就立即赴日。
例如东京工业大学日语授课博士，9月中旬公布结果，9月末入学。完全来不及。但是官网也说明了需要自行跟教授沟通好在留签证可能会花费时间的情况。
情况3：入学时间为4月，仅在春季进行募集，博士考试结果在2月中才公布。这样的情况下也是来不及入学的。做法与建议同情况2。
例如东京工业大学日语授课博士，3月初公布结果，4月入学。完全来不及。但是官网也说明了需要自行跟教授沟通好在留签证可能会花费时间的情况。
情况4：入学时间为9/10月，可能会在春季举办一次招生募集。合格后4月份左右就可以开始办理在留资格，这样时间完全充裕，不用担心。
例如东京大学全球化社会学专业（GSP）英文授课博士，3月份公布结果，9月份入学
综上，日本招收海外博士生不是一天两天了，对于在留资格的办理，以及来不及办理在留的情况都是很有经验的。题主不用担心在留时间问题，可以安心准备考试。合格才是王道，合格后积极与学校和教授沟通协调就好。
